حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت جناب حجت‌الاسلام آقای حاج شیخ محمدعلی صدوقی امام جمعه‌ی یزد را تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
با تأسف و تأثر اطلاع یافتیم كه جناب حجة‌الاسلام آقای حاج شیخ محمدعلی صدوقی امام جمعه‌ی یزد و نماینده‌ی اینجانب در آن استان دار فانی را وداع گفته و یاران و كسان خود را داغدار ساخته است. رحمت و رضوان الهی بر او باد.
 ایشان در منصب امامت جمعه فعالیت‌های فراوان و شایان تقدیر داشته و خدمات ارزشمندی به مردم مؤمن و انقلابی آن استان تقدیم نموده است و انشاءالله مایه‌ی جلب رحمت پروردگار به روان ایشان خواهد بود.
 اینجانب این مصیبت را به خانواده و بازماندگان آن مرحوم و نیز به جامعه‌ی روحانیت یزد و عموم مردم با ایمان و وفادار آن سامان تسلیت عرض می‌كنم و برای خاندان گرامی صدوقی و دیگر بازماندگان صبر جمیل و اجر جزیل مسألت می‌كنم و به روح شهید آیت‌الله صدوقی كه این روزها مصادف با سالگرد شهادت ایشان است درود می‌فرستم.
سیدعلی خامنه‌ای
 11/تیرماه/1390